Tak docker tworzy swój folder pod konfigurację, ale tworząc kontenery możesz foldery mieć rozsiane po całym NAS, tylko je bindować do kontenera.
Ad.2. Jeśli do app center podłączysz zewnętrzne źródła z myqnap.org, to później możesz zainstalować Syncthing jako zwykłą aplikacje, jeśli nie chcesz...