Ok, pytam, bo u mnie działa to bez zarzutu. Mam 3 certyfikaty - głównej domeny (zainstalowany przez panel) i 2 do subdomen (ścieżki ustawione w pliku httpd-ssl-vhosts-user.conf). Certyfikaty subdomen umieściłem w folderze /conf apache'a.
Dla przykładu mój plik wygląda tak:
NameVirtualHost *:443...