Nie robiłem nigdy pomiarów wydajności usuwania plików po SMB vs HTTPS (FileStation) - ale wiem jedno - usuwając pliki przez to drugie - system operacyjny nie zakłóci mi procesu... Usuwając po SMB - w każdej chwili Windowsowi może coś nie zagrać (i to nie koniecznie związanego z operacją na Qnapie) i może się zwiesić - przy okazji przerywając operację. Ponadto - HTTPS jest szyfrowanym protokołem, a SMB domyślnie nie (nawet w wersji 3).
Co do wydajności: w zasadzie to i tak trafia do kosza sieciowego Qnapa (o ile jest włączony), a nawet jeśli nie, to i tak obciążany jest procesor i pamięć NAS'a przy wykonywaniu tej operacji. Pamiętaj też, że usuwając cokolwiek poprzez SMB - Twój antywirus też się temu będzie przyglądał - przez co proces rzeczywiście może się wydłużyć przy większej liczbie plików.
Inna sprawa, gdyby (jakimś cudem) usuwane pliki były przenoszone do kosza komputera, wtenczas wąskim gardłem byłaby min. przepustowość Twojej karty sieciowej i wydolność sieci (do 12.5 MB/s lub do 125MB/s - w zależności czy posiadasz SIEĆ na gigabicie czy nie) - ale tak się nie dzieje, więc tutaj nie ma ograniczeń.
Osobiście chociażby ze względów bezpieczeństwa większe operacje usuwania plików/katalogów wykonuję poprzez FileStation, będąc zalogowanym po HTTPS.
Ponadto:
Jeżeli tylko możesz -> unikaj mapowania dysków sieciowych, zadbaj o to, by w otoczeniu sieciowym także było widać jak najmniej... a dlaczego? ano dlatego, że różnego rodzaju trojany sieciowe (i inne tego typu oprogramowania szkodliwe) posiadają zdolność "przeskakiwania" do zasobów sieciowych, do których dostęp posiada zainfekowana ofiara.
Jak zatem się dostawać do zasobów?
W opcji "nieco-bezpieczniejszej" - zapisz dane logowania na swoim koncie (Panel Sterowania -> Konta Użytkowników -> Zarządzaj poświadczeniami), a następnie utwórz sobie skrót na pulpicie do miejsca docelowego (Prawy myszy -> Utwórz nowy -> Skrót) i tam podaj ścieżkę (np. \\[ip_Qnapa]\[nazwa_zasobu_sieciowego])
Taka niewielka zmiana, a odsieje Ci sporo zagrożeń (nie wszystkie! ale znaczną część)
Zadbaj o to, by każdy udostępniony katalog miał aktywną opcję "ukryty" - dzięki temu skanerom sieciowym będzie znacznie trudniej odnaleźć ważne dla Ciebie miejsca.
Jeżeli posiadasz dane "krytyczne" z Twojego punktu widzenia - utwórz sobie na Qnapie dodatkowy katalog - NIE udostępniaj go w sieci, zadbaj o to, by uprawnienia do niego miał WYŁĄCZNIE użytkownik admin (dla pozostałych udostępnianych katalogów utwórz odrębnego użytkownika, którego dane zapiszesz na komputerach uzyskujących dostęp) - i do tego dodatkowego katalogu niejako replikuj (kopiuj) te "krytyczne" dane (np. przy użyciu aplikacji Hybrid Backup dostępnej w repozytoriach Qnapa). Co Ci to da? ano to, że nawet jeżeli jakieś złośliwe oprogramowanie przeskoczy "po skrócie" do zasobu i zaszyfruje Ci dane, do tego dodatkowego katalogu już się tak łatwo nie przedostanie.
Pamiętaj też, że masz możliwość podłączania zewnętrznego dysku USB i za pomocą jednego wciśnięcia guzika na obudowie rozpoczęcia kopiowanie nań wspomnianych wyżej "krytycznych" danych.
Powodzenia!