W zakładce wtyczki jest tylko opcja wyłącz, i po zmianie znika z ustawień "Autotools". Dodatkowo dałem aby przy starcie również było na wyłączone. Restart rtorrent i dalej tworzy kopię pobranych plików w complete :/
Edit.
Odinstalowałem rtorrent, usunąłem wszystkie pliki z ustawieniami i ponownie go zainstalowałem. Wygląda że teraz działa poprawnie, ale jeszcze potestuję.